Используются семена, содержащие жирное масло (до 40%), витамин А, органические кислоты, ферменты, слизь, гликозид линамарин.
Применяется как обволакивающее, противовоспалительное и нежное слабительное средство, а также при воспалении дыхательных путей, при сухом кашле, при обострении гастрита и язвенной болезни, болях в кишечнике, хронических запорах, геморрое, трещинах прямой кишки, при цистите, нефритах и камнях мочевого пузыря. Масло используется как диетический продукт, снижающий содержание холестерина в крови.
Противопоказан при склонности к поносам, при холецистите, гепатите. Длительно применять льняное семя не рекомендуется.